I Tokyo som ble anerkjent som Shinto Teito i år 2020, er 19 år gamle Minato Sahashi veldig intelligent, men på grunn av hans manglende evne til å takle under press har sviktet college-inngangstesten to ganger.
Minato møter en jente som heter Musubi, som faktisk faller i himmelen en dag. Minato lærer snart at hun er en "Sekirei" som valgte ham som hennes "Ashikabi", blant den kryptiske gruppen av individer som har den arvede karakteristikken som er i stand til å skape en avtale - ved å kysse - med Sekirei. Dette gjør dem i stand til å bruke sin totale makt i fjerningskonflikter med andre Sekirei og binder Sekirei til ham. Sekirei-kampen består av 108 søte jenter, kjære kvinner og bishen, i en konkurranse kalt “Sekirei-planen” dannet av Hiroto Minaka, styreleder og grunnlegger av den mystiske og mektige MBI Corporation.
Minato lærer snart at det ikke er moro og lek å være ektefelle til en kvinne, spesielt når han blir valgt av flere andre Sekirei, som hver i tillegg danner en avtale med ham, som deres Ashikabi. Nå burde Minato oppdage en metode for å overleve livstruende konflikter i Sekirei-planen og hans følgesvenns intense konkurranse om ham.
Sekirei er superdrevne vesener som bruker en annen kode akkurat som en persons. Sekirei-romskipet styrtet på jorden i 1999 på Kamikura Island, og ble oppdaget av to elever, Hiroto Minaka (potensiell MBI-styreleder) og Takami Sahashi (potensiell MBI-hovedforsker og Minatos mor). Ombord hadde paret oppdaget 108 livsformer, forklart som "En søyle og 107 babyfugler".
