Empire of Britannia invaderte Japan ved hjelp av gigantiske robotvåpen kalt Knightmare Frames. Japan ble redusert til område 11, en keiserlig koloni, og folket referert til som Elevens. På den tiden lovet Lelouch, en ung britannisk gutt som ble sendt i Japan, til sin japanske venn Suzaku at han ville ødelegge Britannia.
Flere år senere er Lelouch en videregående student som regelmessig hopper over skolen for å spille sjakk og gamble. Når han snubler over en terroristgruppe i Elevens som blir fanget av en britisk task force etter å ha stjålet en militærhemmelighet, blir Lelouch uventet gjenforent med Suzaku, som jobber som medlem av det britanniske militæret. Når resten av innsatsstyrken ankommer, blir Suzaku skutt for å ikke adlyde ordrer, mens den militære hemmeligheten, en ung jente, gir Lelouch makten til å få noen til å adlyde enhver ordre. Lelouch tar kommandoen over terroristene og vedtar aliaset "Zero" og begynner sitt opprør for å knuse Britannia en gang for alle. Imidlertid blir hans største venn snart en av hans mest urovekkende fiender når Suzaku blir pilot for Britannias nye testmodell Knightmare, Lancelot.
Merk: Historielinjen er litt annerledes enn anime.
