Verden er i en tilstand av isolasjon. Årsaken skyldes mystiske dyphavsenheter som marinen har kalt “Deep Sea Fleet” og deres overtakelse av havene og isolerer alle verdens land fra hverandre. Nekter å bare sitte stille ved og la Dyphavsflåten få sin vei, alle verdens land samler ressursene sine for å lage et nytt våpen for å bekjempe dem ... et våpen som kan sammenlignes med kraften til et slagskip ... og det heter er: The Fleet Girls. Vil dette nye våpenet være nok til å bekjempe Deep Sea Fleet? Vil banner som nettopp ble sendt til marinebasen der "Fleet Girls" holdes, kunne hjelpe i deres kamp ... Bare tiden vil vise når denne krigen mot Deep Sea Fleet begynner å utfolde seg.
