Fra Wikipedia: Sett i moderne tid handler historien om Miharu Rokujou, som bare ønsket å leve et normalt liv og arve en Okonomiyaki-restaurant. For øyeblikket var hans største problem den konstante plaget fra Kouichi Aizawa og Durandal Thobari Kumohira, som startet en Nindō (忍 道?, Bokstav. ”Way of the Ninja”) -klubben. Miharu ønsket ingenting å gjøre med "ninjaer" og avviste dem hver gang. Men snart blir han angrepet av en faktisk gruppe ninjaer og er beskyttet av Kouichi og Kumohira. Der lærer Miharu om den skjulte ninjaverdenen Nabari, rollene til klassekameraten og læreren i den verdenen, og om den hemmelige kunsten Shinra Banshou (森羅 万象 Shinrabanshō?, Bokstavelig "alle ting i naturen") i ham. Den hemmelige kunsten, som inneholder all verdens kunnskap, er svært ettertraktet i Nabari. Og på grunn av dette kan Miharu ikke gå tilbake til sitt normale liv. Han må bli "Nabari-herskeren" for å overleve. Fra Baka-Updates: Rokujou Miharu var en tilsynelatende motvillig ungdomsstudent som bodde i sin egen verden. Imidlertid lurte den ultimate makten til Nabari, "allmektig", i ham. For å ha et slikt høyeste våpen sverget Wolf Pack of Iga å bringe Miharu tilbake til landsbyen Iga. På den annen side var Miharus engelsklærer, Kumohira sensei, og klassekamerat, Kouichi, Banten-ninjaene hvis oppgave var å beskytte Miharu. En krig ført over eierskapet til "allmektig" startet dermed. For å overleve må Miharu gå inn i den skjulte verden Nabari, for å bli konge.
