I AG 101 (det 101. året i Advanced Generation-kalenderen) angriper og ødelegger en mystisk enhet kun kjent som "UE", eller "ukjent fiende", romkolonien Angel. Dette brutale angrepet blir beryktet som "Den dagen engelen falt", og markerer begynnelsen på menneskehetens krig for overlevelse. Serien begynner i AG 108 da UE angriper romkolonien Ovan, der Flit Asuno nå bor etter at han rømte fra kolonien Angel før den ble ødelagt. Flits mor kort tid før hun blir drept av UE, gir hun sønnen en gjenstand som heter "AGE Device". Innenfor det oppdager han tegningene for et kraftig våpen fra fortiden - den gamle messias som heter "Gundam".
Fra disse tegningene bruker Flit de neste årene på å studere ingeniørfag på en jordføderasjonsbase på Nora-romkolonien og utforme Gundam AGE-1. Syv år senere, i AG 115, fullførte Flit Gundam AGE-1 Normal, akkurat som UE angrep Nora, og brukte den til å hjelpe mannskapet på Føderasjonens slagskip "Diva" med å evakuere koloniens borgere før den ble ødelagt. Flit er fast bestemt på å bringe kampen til UE for å ødelegge hjemmet sitt to ganger, og aksepterer å tjene på Divas mobile draktgruppe som styrer Gundam. Etter å ha skaffet nok data og militærmakt til å etablere et handlingsforløp, lanserte mannskapet på Diva og deres allierte et vellykket angrep som ødela UEs hemmelige festning i Ambat-asteroiden. Der lærer de at UE faktisk er etterkommere av et antatt mislykket menneskelig oppdrag sendt for å kolonisere Mars, etterlatt for død av Earth Federation, som dannet sin egen nasjon på den røde planeten kalt Veigan.
