Medaka boks

Historien følger Medaka Kurokami, en magnetisk og tiltalende førsteårs Hakoniwa Academy-elev som er valgt til studentrådspresident med 98% av stemmene. Hun adresserer disse petisjonene på sin upassende måte, og med all hjelp med barndomskompisen Zenkichi Hitoyoshi, innfører hun en forslagskasse. I løpet av fortellingen distribueres studentrådets ledelsessteder av henne til andre elever som Mogana Kikaijima og Kouki Akune.

Studentrådet lærer at akademiets leder betyr å starte en jobb for å eksperimentere på rutinemessige elever, Flask Plan, kalt Normals, slik at du kan gjøre dem om til Abnormals, det er mennesker med overmenneskelige krefter. Elevrådet kommer i konflikt med andre elever som er involvert i jobben og infiltrerer skolens hemmelige laboratorium.

Like etter utfordret Misogi Kumagawa som ønsker å erstatte studentrådet med en av sine egne av Medaka til et mesterskap for studentrådet. Fra hans krefter er to elever uforseglet etter nederlaget til Kumagawa og fullfører transporten til Hakoniwa Academy. De to pleier å være sterkere enn Abnormals og blir kalt “Not Equals”. Deres leder, Anshin'in, truer med å starte flaskeplanen på nytt når Medaka er blitt best, og driver deres etterfølgere til å bli trent av studentrådet. Likevel vil den nøyaktige strategien til Anshin'in være å ha statusen som studentrådspresident for Zenkichi usurpere Medaka. Zenkichi lykkes og gjør det med påstanden om å styrke studentlivet. Han overbeviser Medaka om å tillate Flask Plan for de menneskene som ikke er uvillige.

Overta fra sitt ansvar som president for studentrådet, blir Medaka snart involvert i et mesterskap for å bestemme mannen sin. Medaka blir vinneren, og velger å gifte seg med Zenkichi etter at de begge graderer og går inn i seg selv. Rett etter forlater nærkammeraten Hansode Shiranui fra Zenkichi skolen. Zenkichi og medaka finner ut at hun ender opp med å bli en annen vert for Iihiko Shishime, et 5000 år gammelt vesen. Han blir beseiret av medaka og forsvinner etter at månen har avsluttet fra å krasje mot jorden, rett og slett for å dukke opp igjen i tide til tjeneste for året. Etter at hun kom tilbake, anta farens stilling foran familiens selskapskonglomerat, Kurokami Group, bare for senere å komme tilbake som den nye styrelederen og Medaka bestemmer seg for å forlate akademiet. Ti år etter hadde Zenkichi jobbet seg oppover Kurokami-gruppen, og blitt en arbeidstaker på høyt nivå før han gjenforente seg med henne, og begge sverget på å aldri bli splittet igjen.