Etter Tuatha de Danaan's seajacking-hendelse er ting tilbake til det normale på Jindai High School i Tokyo, eller så normalt som det blir med Sousuke som vokter Kaname. Etter å ha funnet ut hvem som forrådte Mithril og forårsaket seajacking-hendelsen, blir Kurz og Mao sendt på et topphemmelig oppdrag for å fange og bringe forræderen tilbake.
Sousuke og Kanames liv er imidlertid i ferd med å endres når de møter Leonard Testarossa, et høyt rangert medlem av en mystisk gruppe som heter Amalgam. Etter møtet deres advarer Leonard henne om at han vil gjøre alt for å rekruttere henne selv om det betyr krig i Tokyos gater.
