Last Order starter når Desty Novas nanoteknologi gjenoppliver Alita i den flytende byen Tiphares. Byens svarte hemmeligheter er ondskapsfullt avslørt, men det ser ut til å være en liten del av en verden som er komplisert. Å gå ut i verdensrommet med gamle og nye selskaper for å lære mer om hennes glemte fortid og like, for å lete etter sin tapte venn Lou Collins, blir Alita fanget i en interplanetær kamp mellom hovedmaktene til solsystemet som ble kolonisert. På veien danner hun en allianse med tre av Alita-replikaene som nå har begynt å tro for seg selv, en usmakelig superhacker, og Nova selv når hun går inn i Zenith of Things-turneringen (ZOTT), en kampkonkurranse som holdes hvert 10. år. Inkludert måten Jorda dukket opp fra en katastrofal innvirkning vinter som utslettet flertallet av publikum gjennom hele fortellingen, vises mer historie om innstillingen av Battle Angel Alita som ikke hadde blitt avslørt i den tidligere strengen.
